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暫時只有香港快運航空提供從香港國際機場（HKG）直飛到長崎機場的航班。其他航空公司例如捷星日本航空、樂桃航空、日本航空、中國東方航空等等都只提供相關的轉機航班，全部航班均需轉機一次或以上。常見的轉機城市包括了東京、大阪、沖繩、上海。

長崎機場內有多元化的餐廳，為你提供不同種類的美食。在機場一樓有售賣中華料理、烏龍麵的餐廳，而二樓則是有壽司店以及土耳其餐廳可供選擇。另外機場內同時亦有連鎖咖啡店和便利店提供各類飲品和小食，機場內的商店亦會出售長崎縣的特產食品。琳瑯滿目的商店保證你能找到心頭好。

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唯一有提供從香港飛往長崎市的航班的航空聯盟是寰宇一家。

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